Doctorado en Ciencias Interdisciplinarias

Analysis of pathogenic variants in retinoblastoma

Wed, 02 Sep 2026 00:00:00 GMT

Analysis of pathogenic variants in retinoblastoma Peña Balderas, Ana María Antecedentes. La proteína RB codificada por el gen RB1, es un supresor tumoral que regula el ciclo celular. Las mutaciones en RB1 se asocian con diversos tipos de cáncer, de hecho, fue el primer gen supresor tumoral relacionado con el desarrollo de retinoblastoma. Este tipo de cáncer es una neoplasia maligna ocular pediátrica que se origina en la retina. En 1971 Knudson propuso la hipótesis de los dos golpes, la cual establece que se requieren dos eventos mutacionales para iniciar la progresión tumoral, ya sea de manera esporádica o hereditaria. Objetivo Caracterizar las mutaciones puntuales del gen RB1 asociadas con el retinoblastoma, contribuyendo así a la comprensión de los mecanismos moleculares que subyacen al desarrollo de la enfermedad. Métodos. Se analizaron cuatro mutaciones puntuales en el gen RB1 asociadas con retinoblastoma: una mutación sinónima (pA14A), dos mutaciones con cambio de sentido (pN328H y pD718N) y una mutación con codón de terminación prematuro (R552*), con el objetivo de caracterizar sus efectos celulares y moleculares. Se evaluaron los niveles de expresión de ARNm y proteína, así como la proliferación, viabilidad, localización subcelular y migración celular utilizando una línea celular RBKO. Resultados. Todas las mutantes se expresaron tanto a nivel de ARNm como de proteína. En cuanto a la localización subcelular la mutante pN328H se restringió al núcleo, mientras que pA14A, pR552* y pD718N se localizaron tanto en el núcleo como en el citoplasma. Los ensayos comparativos de viabilidad, proliferación y migración entre todas las variantes y la proteína RB de tipo silvestre mostraron alteraciones significativas, particularmente la mutante pR552*, la cual presento cambios mas notorios. Se generó una construcción de pR552* sin la etiqueta HA y tras su transfección estable, se confirmó que los efectos observados no dependían de dicha etiqueta. De manera destacada, la coexpresion de pR552* y RB silvestre demostró que la mutante pR552* por si sola es suficiente para mantener el fenotipo mutante. Conclusiones. Nuestros resultados sugieren que la mutante pR552* presenta características de ganancia de función, ya que no solo pierde su función supresora característica, sino que además adquiere propiedades que alteran el comportamiento celular.; Background. The RB protein encoded by the RB1 gene is a tumor suppressor that regulates the cell cycle. Mutations in RB1 are associated with several types of cancer; indeed, it was named after the first tumor suppressor linked to the development of retinoblastoma. This type of cancer is a pediatric ocular malignancy that originates from the retina. In 1971, Knudson proposed his two-hit hypothesis, which states that two mutational events are required to initiate tumor progression, sporadically or hereditarily. Aims. To characterize point mutations in the RB1 gene associated with retinoblastoma, thereby contributing to the understanding of the molecular mechanisms underlying disease development. Methods. We analyzed four-point mutations in retinoblastoma, one synonymous mutation (pA14A), two missense mutations (pN328H and pD718N), and one with an early termination codon (pR552*), to characterize their cellular and molecular effects. We studied their mRNA and protein expression levels, proliferation, viability, localization, and migration using an RBKO cell line. Results. All mutants were expressed at the mRNA and protein levels. Regarding the subcellular localization of the mutants, pN328H was restricted to the nucleus, while pA14A, pR552*, and pD718N were present in both the nucleus and cytoplasm. The assays comparing the viability, proliferation, and migration of all variants versus wild-type RB showed significant alterations, particularly in mutant pR552*, which showed remarkable changes. The construct pR552* lacking the HA tag was generated. Once stably transfected, it was confirmed that the observed effects did not depend on the tag. Remarkably, the co-expression of both pR552* and wild-type RB showed that the pR552* mutant alone is sufficient to maintain the mutant phenotype. Conclusions. Our results suggest that the pR552* mutant exhibits gain-of-function (GOF) characteristics, as it not only loses its typical suppression function but also generates effects that alter cellular behavior.

Influencia de los ácidos grasos trans industriales y naturales en la memoria apetitiva y el metabolismo de lípidos

Thu, 02 Jul 2026 00:00:00 GMT

Influencia de los ácidos grasos trans industriales y naturales en la memoria apetitiva y el metabolismo de lípidos Dorantes Gilardi, Mariana Los ácidos grasos trans (TFA) se dividen en dos categorías: industriales (iTFA), como el ácido trans-elaídico (TEA), y rumiantes (rTFA), como el ácido trans-vaccénico (TVA). Mientras que el consumo excesivo de iTFA se asocia consistentemente con mayor riesgo de enfermedad coronaria por sus efectos aterogénicos, los rTFA no muestran la misma relación y algunos estudios sugieren incluso beneficios cardiovasculares y metabólicos. En este estudio se compararon de manera sistemática los efectos biológicos de TEA y TVA. Ratones recibieron 168 mg/kg durante 45 días y se evaluaron sus perfiles lipídicos séricos y memoria apetitiva. Los ratones tratados con TEA mostraron un perfil fuertemente aterogénico, con incrementos significativos en colesterol total y en triglicéridos, de muy baja densidad (VLDL), de baja densidad (LDL) y de alta densidad (HDL) (todos con p < 0.0001). En contraste, los tratados con TVA presentaron reducciones significativas en colesterol, triglicéridos, LDL y HDL (p < 0.0001) y una disminución modesta en VLDL (p = 0.0039). En el aspecto conductual, el TEA deterioró el aprendizaje en el laberinto de ocho brazos, con adquisición más lenta de la tarea (p = 0.0353), mientras que el TVA mejoró el desempeño (p < 0.0001). De forma similar, el ácido oleico (OA), un cis monoinsaturado natural, también mejoró el aprendizaje (p = 0.0004). Tomando en cuenta todo lo anterior, los resultados confirman que los iTFA como el TEA tienen efectos negativos cardiovasculares y cognitivos, mientras que los rTFA como el TVA pueden ejercer efectos protectores, comparables a los del OA. Estas conclusiones tienen implicaciones en nutrición, etiquetado de alimentos y comprensión del impacto diferencial de los isómeros de grasas. Posibes investigaciones futuras relacionadas con este trabajo podrían ser, por ejemplo, dilucidar los mecanismos moleculares que subyacen a estos efectos, incluyendo el papel del metabolismo lipídico, la neuroinflamación y el eje intestino-cerebro, así como las implicaciones a largo plazo de la exposición crónica en diferentes tipos de TFAs.; Trans fatty acids (TFAs) are divided into industrial (iTFAs), such as elaidic acid (TEA), and ruminant (rTFAs), such as vaccenic acid (TVA). Excessive iTFA intake is strongly linked to coronary heart disease due to their atherogenic effects, whereas rTFAs show neutral or even beneficial effects. In this study, we systematically compared TEA and TVA by administering 168 mg/kg to mice for 45 days, then assessing serum lipid profiles and performance in an appetitive memory task. Our findings reveal contrasting divergent outcomes. TEA produced robust atherogenic responses, with significant increases in total cholesterol, triglycerides, very-low-density lipoprotein (VLDL), low-density lipoprotein (LDL), and high-density lipoprotein (HDL) (all p < 0.0001). In contrast, TVA improved lipid profiles, reducing cholesterol, triglycerides, LDL, HDL (all p < 0.0001), and modestly lowering VLDL (p = 0.0039). Behaviorally, TEA impaired learning in an eight-arm maze (p = 0.0353 vs. control), while TVA enhanced performance (p < 0.0001). Oleic acid (OA), a natural cismonounsaturated fatty acid, also improved learning (p = 0.0004), mirroring TVA. Overall, iTFAs like TEA exert deleterious cardiovascular and cognitive effects, whereas rTFAs such as TVA may be protective. These findings have implications for nutrition policy, food labeling, and our understanding of dietary fat isomers. Future research related to this work will focus on elucidating the molecular mechanisms underlying these effects, including the roles of lipid metabolism, neuroinfammation, and the gut-brain axis, as well as the long-term implications of chronic exposure to different types of TFAs.

A study on combinatorics of link projections: regular projections of the link L6N1 and prolificity of arrangements of pseudocircles

Wed, 13 May 2026 00:00:00 GMT

A study on combinatorics of link projections: regular projections of the link L6N1 and prolificity of arrangements of pseudocircles Ramírez Medrano, Santino Ernesto The relationship between a link embedded in the 3-sphere and its planar projection (or shadow) is a central subject in knot theory. This thesis investigates two distinct facets of this relationship. First, we address the characterization problem: for a particular link L, a fundamental problem consists of characterizing the exact set of shadows that are projections of L. While this question has been resolved for links with small crossing numbers, we extend this inquiry to the 3-component prime link L6n1. This work provides a complete characterization: any 3-component link projection is in fact a projection of L6n1 under the necessary and sufficient condition that its components intersect pairwise. This is achieved through the identification and analysis of reduction operations that simplify projections while preserving key properties, ultimately characterizing the irreducible projections of L6n1. Second, we explore the prolificity of shadows: what is the total number of distinct links that can be obtained from a particular shadow? We focus specifically on shadows formed by arrangements of pseudocircles (collections of Jordan curves that pairwise intersect exactly twice) and restrict our analysis to the realization of positive oriented links. We establish precise asymptotic bounds for the number of distinct positive oriented links that can be obtained over the three unavoidable classes of pseudocircle arrangements: the ring Rn, the boot Bn, and the flower Fn. We demonstrate that the number of such links, relative to the total number of possible positive realizations (2n), behaves asymptotically as 1/4 for Rn, 1 for Bn, and 1/ (2n) for Fn.

Propuesta de inhibidores químicos que compiten con la unión de las subunidades de la RNA polimerasa II a las GTPasas esenciales Npa3 y Gpn1

Mon, 08 Dec 2025 00:00:00 GMT

Propuesta de inhibidores químicos que compiten con la unión de las subunidades de la RNA polimerasa II a las GTPasas esenciales Npa3 y Gpn1 Muñiz Luna, Julio Alberto Las proteínas Gpn1, Gpn2 y Gpn3 son miembros de la familia de GTPasas GPN; Npa3 en la levadura Saccharomyces cerevisiae es el ortólogo de Gpn1 humana. Estas proteínas desempeñan un papel crucial en el ensamble y en la acumulación nuclear de la RNA polimerasa II (RNAPII), funcionando como chaperonas moleculares. Las estructuras cristalográficas de Npa3 revelan conformaciones abiertas y cerradas, dependiendo del nucleótido de guanina unido (GMPPCP, un análogo no hidrolizable del GTP, o GDP, respectivamente). La conformación abierta de Npa3 posee una cavidad hidrofóbica que es sugerida como esencial para el reconocimiento y la unión de subunidades de la RNAPII durante su biogénesis; sin embargo, aún no se dispone de datos estructurales sobre estos complejos. En este trabajo, se generaron modelos in silico de las interacciones entre la estructura cristalográfica de Npa3 monomérica en su conformación abierta y péptidos de la RNAPII de levadura que se han demostrado experimentalmente interactúan con Npa3, generados mediante acoplamiento computacional flexible. Con la finalidad de identificar inhibidores de estas interacciones, potencialmente útiles para comprender las funciones moleculares y celulares de estas proteínas, se realizaron experimentos de acoplamiento molecular utilizando una biblioteca diseñada de compuestos aprobados por la FDA, tanto en la estructura experimental de Npa3 como en un modelo por homología de Gpn1 humana. Se identificaron, tras una optimización por acoplamiento flexible, como potenciales inhibidores competitivos el fármaco atovacuona para Npa3 y Gpn1 (energías de afinidad de −14,4 y −13,5 kcal/mol, respectivamente) y tibolona para Npa3 (−13,6 kcal/mol). Además, nuestros modelos de acoplamiento sugieren residuos clave en Npa3, como F143 y W179, que pueden ser fundamentales para el reconocimiento tanto de las subunidades de la RNAPII como de los fármacos. En el futuro, estudios bioquímicos y de mutagénesis sitio dirigida podrán aportar evidencia funcional sobre su efecto en la biogénesis de la RNAPII.