https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/5044 Tue, 07 Jul 2026 13:45:46 GMT 2026-07-07T13:45:46Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10028 El RNA no codificante EIN2 modula la respuesta de dos fitohormonas en plantas Nieto Hernández, Jesús Las plantas poseen complejas redes regulatorias que integran diversas señales hormonales, ambientales y del desarrollo para coordinar su crecimiento y su adaptación al ambiente. Entre los componentes de estas redes regulatorias se encuentran los RNAs largos no codificantes (lncRNAs, de sus siglas en inglés), moléculas capaces de modular la expresión génica mediante su interacción con proteínas, otros RNAs o regiones del DNA. A pesar de su creciente caracterización, su origen evolutivo y sus características estructurales en plantas aún han sido poco estudiados. En este trabajo se caracterizaron dos lncRNAs asociados con genes reguladores en Arabidopsis thaliana: el lncRNA localizado río abajo del gen ETHYLENE INSENSITIVE 2 (EIN2) (AT5G03285) y el lncRNA intergénico asociado a TBP2, (TALIR). La caracterización funcional de AT5G03285 mostró que las líneas mutantes knockdown presentan alteraciones en la respuesta al ET, incluido un fenotipo intermedio de triple respuesta y respuestas alteradas a la fitohormona ABA. Asimismo, líneas reporteras del promotor de AT5G03285, revelaron patrones de expresión específico de tejido y de respuesta a hormonas. Los análisis comparativos de sintenia indicaron que el locus de AT5G03285 se encuentra conservado en múltiples especies de plantas, especialmente en angiospermas, manteniendo su proximidad genómica con EIN2. Aunque la conservación nucleotídica es limitada, se identificaron regiones conservadas con pequeños marcos de lectura (sORF), y los análisis de estructura secundaria revelaron estructuras tallo-asa potencialmente implicadas en la interacción RNA-EIN2. Finalmente, TALIR mostró conservación de sintenia dentro del orden Brassicales, así como evidencias de conservación estructural y regulatoria en su región promotora. En conjunto, estos resultados sugieren que los lncRNAs asociados con genes reguladores centrales pueden modular las respuestas hormonales, del desarrollo y de adaptación en plantas.; Plants possess complex regulatory networks that integrate hormonal, environmental, and developmental signals to coordinate growth and adaptation to their environment. Among the components of these regulatory networks are long non-coding RNAs (lncRNAs), molecules capable of modulating gene expression through interactions with proteins, other RNAs or DNA regions. Despite their increasing characterization, the evolutionary origin and structural features of many plant lncRNAs remain poorly understood. In this work, two lncRNAs associated with regulatory genes in Arabidopsis thaliana were characterized: the lncRNA located downstream of the ETHYLENE INSENSITIVE 2 (EIN2) gene (AT5G03285) and the intergenic lncRNA associated with TBP2 (TALIR). Functional characterization of AT5G03285 revealed that knockdown mutant lines exhibit altered ethylene responses, including an intermediate triple-response phenotype and modified responses to the phytohormone ABA. In addition, reporter lines carrying the AT5G03285 promoter revealed tissue-specific expression patterns and regulation in response to hormonal signals. Comparative synteny analyses indicated that the AT5G03285 locus is conserved across multiple plant species, particularly among angiosperms, maintaining its genomic proximity to EIN2. Although overall nucleotide conservation is limited, conserved regions containing small open reading frames (sORFs) were identified, and secondary structure analyses revealed stem–loop structures potentially involved in RNA–EIN2 interactions. Finally, TALIR showed synteny conservation within the order Brassicales, as well as evidence of structural and regulatory conservation in its promoter region. Together, these results suggest that lncRNAs associated with key regulatory genes may play important roles in modulating hormonal signaling, development, and environmental adaptation in plants. Fri, 03 Jul 2026 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10028 2026-07-03T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9919 Análisis de la participación del RNA largo intergénico no codificante TALIR, en el desarrollo y durante el estrés por déficit hídrico en Arabidopsis thaliana Espinoza López, Byanka Sthefany El desarrollo vegetal es un proceso fisiológico complejo regulado por numerosas proteínas, factores de transcripción y señales ambientales. En este contexto, los RNAs largos no codificantes (lncRNAs) han emergido como moduladores clave del crecimiento y la respuesta al estrés. Los lncRNAs son transcritos de longitud mayor a 200 nucleótidos de baja o ninguna capacidad codificante que regulan la expresión génica mediante interacciones con DNA, proteínas y otros RNAs. Sin embargo, a pesar de sus funciones relevantes, solo un número limitado de lncRNAs ha sido caracterizado en plantas. En este estudio se describe, a nivel genómico y fenotípico, el lncRNA TALIR, localizado en la región intergénica entre TATA-binding protein 2 (TBP2) y el gen que codifica para una ubiquitina ligasa E3 RINGU en Arabidopsis thaliana. Las plantas mutantes de TALIR mostraron hojas y rosetas de menor tamaño, así como una disminución en la densidad de raíces laterales. Además las líneas mutantes de TALIR presentan niveles alterados de la abundancia relativa de TBP2, lo que conduce a una desregulación de la expresión del MIR396 y GRF2, así como de MIR156 y SPL9, sugiriendo que estas desregulaciones podrían contribuir a la variación del tamaño de las hojas. Por otro lado, el estrés abiótico es una de las principales causas de pérdida de cultivos a nivel global, por lo que se investigó si TALIR está involucrado en la respuesta al estrés hídrico. TALIR se acumula en tratamientos con ABA y NaCl en plantas WT, mientras que las mutantes de TALIR exhiben insensibilidad a ABA durante la germinación, lo que sugiere un posible papel de TALIR en este proceso. En conjunto, estos resultados expanden el conocimiento actual sobre los lncRNAs en el desarrollo y la respuesta al estrés abiótico y aporta nuevos hallazgos del control de la regulación mediada por MIRNAs.; Plant development is a complex physiological process regulated by numerous proteins, transcription factors, and environmental signals. In this context, long non-coding RNAs (lncRNAs) have emerged as important modulators of plant growth, development and stress responses. LncRNAs are transcripts longer than 200 nucleotides with little or no protein-coding capacity that regulate gene expression through interactions with DNA, proteins, and other RNAs. However, despite their important regulatory roles, only a limited number of them have been characterized in plants. In this study, we describe the genetic and phenotypic characterization of the TBP2-associated long intergenic non-coding RNA (TALIR) encoded upstream of TATA-binding protein 2 (TBP2) and downstream of the ubiquitin ligase gene E3 RINGU of Arabidopsis thaliana. Talir mutant plants exhibited smaller leaves and rosette size, as well as reduced lateral root density. Additionally, talir mutant lines displayed altered relative levels of TBP2, leading to the deregulation of MIR396 and GRF2, as well as MIR156 and SPL9 expression, suggesting that these alterations may in part contribute to the altered leaf size observed. Furthermore, abiotic stress is one of the main causes of crop losses worldwide. Therefore, we investigated whether TALIR is involved in water-deficit stress responses. TALIR is upregulated upon ABA and NaCl treatments in WT plants, whereas talir mutants exhibit ABA insensitivity during germination, suggesting a potential role for TALIR in plant development and abiotic stress responses. Together, these results widen our current understanding on the roles of lncRNAs in plant development and stress responses and provide new insights into miRNA-mediated regulatory mechanisms. Fri, 24 Apr 2026 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9919 2026-04-24T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9855 Análisis transcriptómico asociado a la producción de lípidos en Chlorella vulgaris y Scenedesmus acutus por efecto de la luz azul y roja Torres Martínez, José Juan El uso de microalgas como materia prima para la producción de biocombustibles representa una alternativa sostenible frente a los combustibles fósiles. La manipulación de las condiciones de cultivo, como la calidad de la luz, puede optimizar la acumulación de lípidos, pero los mecanismos moleculares subyacentes no se comprenden completamente. Este estudio tuvo como objetivo analizar el transcriptoma de Chlorella vulgaris y Scenedesmus acutus en respuesta a la fotoestimulación con luz LED azul (400-500 nm) y roja (650-700 nm), en comparación con luz blanca de amplio espectro, para identificar las rutas metabólicas asociadas a la producción de lípidos. Se evaluaron parámetros cinéticos, contenido de clorofila, lípidos neutros y totales, y perfil de ácidos grasos. Posteriormente, se realizó un análisis de secuenciación de ARN (RNA-Seq) para obtener los perfiles de expresión génica diferencial. Los resultados mostraron que, aunque la biomasa final no varía significativamente, la tasa máxima de crecimiento específico (μMax) fue mayor bajo luz azul. Contrario a lo esperado, el contenido de lípidos no aumentó bajo luz azul en las condiciones estudiadas. Sin embargo, el análisis transcriptómico reveló una reprogramación masiva del metabolismo celular. La luz azul indujo la sobreexpresión de genes clave en la biosíntesis de lípidos como KAS y BCR en C. vulgaris en el día 12, coincidiendo con la transición a la fase estacionaria. En S. acutus, la luz azul y roja aumentaron la proporción de ácidos grasos poliinsaturados, lo que se correlacionó con la sobreexpresión del gen de la desaturasa. El análisis funcional del transcriptoma mostró un enriquecimiento significativo en categorías de transcripción y traducción, sugiriendo que la luz actúa como una señal regulatoria maestra que reconfigura la maquinaria informacional de la célula, preparándola para un nuevo estado metabólico. Se concluye que la luz azul modula la respuesta lipogénica de manera dependiente del estado fisiológico del cultivo, actuando como un potenciador de la respuesta al estrés nutricional más que como un inductor directo.; The use of microalgae as a feedstock for biofuel production represents a sustainable alternative to fossil fuels. Manipulating cultivation conditions, such as light quality,can optimize lipid accumulation, but the underlying molecular mechanisms are not fully understood. This study aimed to analyze the transcriptome of Chlorella vulgaris and Scenedesmus acutus in response to photostimulation with blue (400-500 nm) and red (650-700 nm) LED light, compared to broad-spectrum white light, to identify metabolic pathways associated with lipid production. Kinetic parameters, chlorophyll content, neutral and total lipids, and fatty acid profiles were evaluated. Subsequently, RNA sequencing (RNA-Seq) analysis was performed to obtain differential gene expression profiles. Physiological results showed that although final biomass did not vary significantly, the maximum specific growth rate (μMax) was higher under blue light. Contrary to expectations, lipid content did not increase under blue light in the studied conditions. However, the transcriptomic analysis revealed a massive reprogramming of cellular metabolism. Blue light induced the overexpression of key lipid biosynthesis genes such as KAS and BCR in C. vulgaris on day 12, coinciding with the transition to the stationary phase. In S. acutus, blue and red light increased the proportion of polyunsaturated fatty acids, which correlated with the overexpression of the desaturase gene. Functional analysis of the transcriptome showed significant enrichment in transcription and translation categories, suggesting that light acts as a master regulatory signal that reconfigures the cell's informational machinery, preparing it for a new metabolic state. It is concluded that blue light modulates the lipogenic response in a manner dependent on the physiological state of the culture, acting as an enhancer of the nutritional stress response rather than adirect inducer. Thu, 12 Mar 2026 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9855 2026-03-12T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9764 Contribución del transporte de poliaminas a la respuesta de defensa vegetal contra Botrytis cinerea. Peña Lucio, Erick Maurilio El estrés biótico modula la biosíntesis, la conjugación y el catabolismo de las poliaminas, lo que puede inducir la acumulación de especies reactivas de oxígeno y la activación de genes de defensa. A la fecha, la contribución del transporte de poliaminas a través de membranas en la respuesta al estrés ha sido poco estudiada. En el presente trabajo se estudió la familia génica PUT/LAT, que codifica proteínas de importe de poliaminas, con el objetivo de determinar su función en la defensa vegetal. El estudio se llevó a cabo utilizando la planta modelo Arabidopsis thaliana, ya que se cuenta con plantas mutantes de los genes PUT/LAT. Además, se utilizó la cepa fúngica de B. cinerea, debido a su importancia en el sector agronómico y por ser considerado un hongo fitopatógeno. Se observó que los cinco genes PUT/LAT (PUT1 a PUT5) incrementan su expresión en respuesta a B. cinerea. El análisis de mutantes insercionales de T-DNA de los cinco genes PUT de Arabidopsis en interacción con B. cinerea reveló que put2-1 y put5-1, así como la doble mutante put2-1 put5-1, son más susceptibles al hongo, lo que se refleja en un incremento del tamaño de la lesión. Aunque la suplementación con espermidina incrementa la resistencia en plantas silvestres, este tratamiento tuvo poco o nulo efecto en las mutantes put. En contraste, en líneas de sobreexpresión 35S::PUT2, la suplementación con espermidina incrementó significativamente la resistencia, lo que confirma que el transporte de esta poliamina contribuye a la defensa de la planta. En plantas silvestres, el contenido endógeno de espermidina se incrementó mediante la suplementación con espermidina, mientras que en las mutantes put2-1, put5-1 y put2-1 put5-1, la suplementación con espermidina tuvo poco impacto en el contenido endógeno de esta amina. Asimismo, la actividad de enzimas antioxidantes y la de PAO se incrementaron en plantas silvestres infectadas con B. cinerea, pero no se observaron cambios relevantes en las líneas mutantes put. Además, algunos genes marcadores de las vías del ácido salicílico y del etileno mostraron alteraciones en sus perfiles de expresión en la línea put2-1 en interacción con B. cinerea, lo que podría contribuir a su mayor susceptibilidad. En conjunto, estos resultados demuestran que el transporte de poliaminas mediado por PUT2 y PUT5 es clave en la respuesta de defensa de la planta frente a B. cinerea.; Biotic stress modulates polyamine biosynthesis, conjugation, and catabolism, which induces reactive oxygen species accumulation and the activation of defense genes. Up to now, the contribution of polyamine transport across membranes in the biotic stress response has been scarcely studied. In this work, we examined the PUT/LAT gene family, which encodes polyamine import proteins, to determine its role in plant defense using the Arabidopsis-Botrytis pathosystem. The study was conducted using the model plant Arabidopsis thaliana, as mutant plants of the PUT/LAT genes are available. Additionally, the fungal strain B. cinerea was used due to its importance in the agricultural sector and its classification as a phytopathogenic fungus. It was found that the expression of the five PUT/LAT genes (PUT1 to PUT5) increased in response to B. cinerea. Analysis of T-DNA insertional mutants of the five Arabidopsis PUT genes revealed increased susceptibility to B. cinerea in the put2-1 and put5-1 mutants, as well as in the double mutant put2-1 put5-1, with increased lesion size. Although spermidine supplementation increases resistance in WT plants, this treatment had little or no effect on the put mutants. Conversely, in 35S::PUT2 overexpression lines, spermidine supplementation increased resistance, confirming that the transport of this polyamine contributes to plant defense. Spermidine supplementation increased endogenous spermidine levels in the WT; however, the supplementation of spermidine in the put2-1, put5-1, and the double mutant had less effect on the endogenous content of this amine. Similarly, the activity of antioxidant enzymes and PAO activity augmented in WT plants infected with B. cinerea, whereas in the put mutants, no relevant changes were detected. Besides, in the put2-1 mutant line infected with B. cinerea, some marker genes of the salicylic acid and ethylene pathways showed alterations in their expression profiles, which could contribute to increased susceptibility to B. cinerea. In summary, this research highlights the importance of polyamine transport mediated by PUT2 and PUT5 in plant defense against B. cinerea. Wed, 12 Feb 2025 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9764 2025-02-12T00:00:00Z