.Doctorado en Ciencias Biomédicas Básicas

Estudio del pefil de expresión de los IncRNA “s linc-PlNT, MEG3, BALR6 y£EB1-AS1 en pacientes con Leucemia Linfoblástica Aguda de precursores B

Sat, 01 Aug 2026 00:00:00 GMT

Estudio del pefil de expresión de los IncRNA “s linc-PlNT, MEG3, BALR6 y£EB1-AS1 en pacientes con Leucemia Linfoblástica Aguda de precursores B Mata Moreno, Gabriel La leucemia linfoblástica aguda de precursores B (B-ALL) constituye la neoplasia maligna más frecuente en la población pediátrica y representa un importante problema de salud pública debido a su elevada incidencia y al riesgo de recaída asociado con la persistencia de enfermedad residual. En la actualidad, la evaluación de enfermedad mínima residual (EMR) mediante citometría de flujo multiparamétrica es considerada uno de los principales indicadores pronósticos para determinar la respuesta al tratamiento y estimar el riesgo de recurrencia. Sin embargo, las limitaciones relacionadas con la disponibilidad de infraestructura especializada, los costos operativos y la complejidad técnica de estas metodologías han impulsado la búsqueda de biomarcadores complementarios que permitan una caracterización más amplia de la biología tumoral. En este contexto, los ARN largos no codificantes (long non-coding RNAs, lncRNAs) han surgido como moléculas de gran interés debido a su participación en la regulación de múltiples procesos celulares implicados en la oncogénesis, incluyendo la proliferación celular, la apoptosis, la reparación del ADN, la diferenciación celular y la resistencia al tratamiento. Diversos estudios han demostrado que la expresión aberrante de determinados lncRNAs puede asociarse con el desarrollo, progresión y pronóstico de múltiples tipos de cáncer, incluyendo neoplasias hematológicas. El presente estudio explora el papel de cuatro lncRNAs con funciones previamente relacionadas con procesos clave de la leucemogénesis: MEG3, LINC-PINT, BALR6 y ZEB1-AS1. Para ello, se analizó su expresión en una cohorte de pacientes pediátricos mexicanos diagnosticados con B-ALL, comparando los niveles observados al momento del diagnóstico con aquellos detectados al finalizar la terapia de inducción a la remisión. Asimismo, se evaluó la relación entre la expresión de estos biomarcadores y el estado de enfermedad mínima residual determinado por citometría de flujo. Los resultados muestran que los perfiles de expresión de algunos de estos lncRNAs difieren significativamente entre pacientes que alcanzan remisión y aquellos que presentan persistencia de enfermedad. En particular, se identificaron cambios relevantes en la expresión de MEG3, LINC-PINT y BALR6, sugiriendo que estas moléculas podrían reflejar procesos biológicos asociados con la sensibilidad o resistencia al tratamiento. Por el contrario, ZEB1-AS1 no mostró asociaciones significativas con la respuesta terapéutica en la cohorte estudiada. Más allá de la identificación de posibles biomarcadores, este trabajo aporta evidencia acerca de la utilidad de los lncRNAs como herramientas para complementar la evaluación convencional de la EMR. Al reflejar mecanismos celulares relacionados con la supervivencia, proliferación y capacidad de adaptación de las células leucémicas, estos biomarcadores podrían contribuir a una mejor estratificación pronóstica y al desarrollo de estrategias de seguimiento más personalizadas. En conjunto, esta investigación representa una de las primeras caracterizaciones longitudinales de la expresión de MEG3, LINC-PINT, BALR6 y ZEB1-AS1 en pacientes pediátricos mexicanos con B-ALL, y proporciona información relevante sobre el potencial de los lncRNAs como marcadores moleculares complementarios para la monitorización de la respuesta terapéutica en leucemia linfoblástica aguda.; Background/Objectives: Long non-coding RNAs (lncRNAs) have been identified as poten-tial biomarkers for cancer diagnosis and prognosis. In the present study, we proposed the analysis of four lncRNAs as a diagnostic support candidate for the follow-up of leukemia patients. The aim of this study was to characterize the expression of BALR6, LINC-PINT, MEG3, and ZEB1-AS1 in patients with B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) at diagnosis and at the end of remission induction therapy. Methods: B-ALL diagnosis and MRD assessment were performed by flow cytometry, while lncRNA expression levels were quantified using TaqMan probe-based assays. Results: Fifteen pediatric patients with B-ALL were followed longitudinally. MRD evaluation identified seven refractory and eight remitted patients. Significant expression changes were observed for MEG3 in remitted patients and for BALR6 and LINC-PINT in refractory patients. No statistically significant differences were detected for ZEB1-AS1. Conclusions: Changes in MEG3, LINC-PINT, and BALR6 lncRNA expression are associated with treatment response and MRD status in pedi-atric B-ALL, supporting their potential role as complementary biomarkers to conventional MRD monitoring.

Caracterización morfológica de anormalidades nucleares de tortuga verde (Chelonia mydas) para su potencial uso como biomarcador ambiental

Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT

Caracterización morfológica de anormalidades nucleares de tortuga verde (Chelonia mydas) para su potencial uso como biomarcador ambiental Rodríguez Salazar, Claudia Lorena Las zonas costeras del Caribe mexicano han experimentado durante las últimas décadas un crecimiento acelerado de actividades humanas, incluyendo el turismo, la urbanización y el desarrollo antrópico. Estas actividades han generado un incremento de los contaminantes ambientales, como las descargas de aguas residuales, nutrientes, metales pesados y compuestos orgánicos persistentes. Dichos contaminantes han provocado alteraciones físicas y químicas en el ecosistema marino. Adicionalmente, desde 2014 se ha registrado un arribo masivo atípico de sargazo (Sargassum natans y S. fuitans), lo cual ha provocado procesos de eutrofzación, disminución del oxígeno disponible y cambios en el pH y la temperatura del agua. Dichos efectos han afectado directamente a los organismos marinos. La tortuga verde (Chelonia mydas) es una especie ampliamente distribuida en el Caribe mexicano que fue catalogada como en preocupación menor después de décadas en las que fue considerada en peligro de extinción a nivel global. Debido a su longevidad, hábitos costeros y posición trófca, la tortuga verde es reconocida como una especie centinela para evaluar la calidad ambiental. Entre los biomarcadores utilizados para evaluar los efectos genotóxicos de la contaminación se encuentran la prueba de micronúcleos (MN) y la frecuencia de anormalidades nucleares eritrocitarias (AN), que permiten detectar daño genotóxico en células sanguíneas de forma mínimamente invasiva. La prueba de MN ha demostrado ser sensible para detectar daño en el ADN causado por agentes físicos y químicos. No obstante, la prueba tradicional requiere el conteo manual de entre 1000 y 2000 eritrocitos por individuo, lo que resulta en una técnica laboriosa y dependiente del observador. Ante esta limitación, este proyecto tiene como objetivo generar índices de alteración de membrana celular como biomarcadores tempranos de detección de condiciones medioambientales y toxicológicas, que sean sistemáticos, de alto rendimiento e independientes del observador. Se obtuvieron muestras de sangre de 166 tortugas verdes capturadas vivas entre 2015 y 2019, en cuatro sitios de estudio a lo largo de la costa de Quintana Roo: Punta Arenas, Akumal, Punta Herrero y Xcalak. Estos sitios presentan distintos grados de presión antropogénica, desde zonas relativamente conservadas (Punta Arenas y Punta Herrero), pueblos cercanos a zonas altamente contaminadas (Xcalak) y áreas con intensa actividad turística (Akumal). A partir de las muestras, se elaboraron frotis sanguíneos, los cuales fueron fjados y teñidos con naranja de acridina para su posterior análisis en microscopio de fuorescencia, donde se tomaron 20 micrografías por laminilla, por duplicado. Las morfologías consideradas para evaluar la frecuencia de AN fueron: MN, brotes nucleares, núcleos lobulados, muescas, células binucleadas, ampollas y formas en ocho. Se determinaron las frecuencias de AN y MN y se evaluaron diferencias regionales y anuales, lo que permitió identifcar distintos grados de perturbación ambiental en los que habitan las tortugas verdes. Por otro lado, para el estudio morfométrico de la membrana nuclear, se seleccionaron 60 tortugas al azar (15 por sitio) mediante un muestreo estratifcado. De cada tortuga se utilizaron 350 núcleos de eritrocitos, a los que se midieron de forma semiautomatizada ocho índices morfométricos: área, perímetro, eje mayor, eje menor, relación de aspecto, foco, circularidad y redondez. La utilidad de estos índices fue evaluada mediante estadística univariada, mediante la correlación con la frecuencia de AN observada, y de forma multivariada, mediante la evaluación de patrones regionales explicados en conjunto. Considerando que, en tortugas marinas sanas, los eritrocitos presentan núcleos elípticos, en este estudio se evaluaron las desviaciones respecto a la forma elíptica asociadas a anormalidades nucleares mediante un modelo no paramétrico basado en la relación entre la relación del aspecto (AR) y el Foco (FD). Para ello, se aplicó un análisis de regresión no lineal por sitio de estudio, utilizando el modelo paramétrico de la ecuación general de una cónica. Los resultados del análisis genotóxico mostraron que el 98.8% de las tortugas evaluadas presentó daño en el ADN, evidenciado por la presencia de MN y AN. La frecuencia de AN fue mayor en Xcalak y Akumal que en el resto de los sitios (p < 0.01) mientras que Punta Arenas presentó los valores más bajos. Además, se encontraron diferencias estadísticamente signifcativas en la frecuencia de AN entre los años de estudio con un incremento anual desde el 2015. Estos resultados, junto con la falta de correlación (p > 0.05) entre la frecuencia de AN y las variables biológicas (talla, sexo y clase de edad) demuestran la sensibilidad de la prueba como biomarcador ambiental. Los análisis morfométricos respaldaron los resultados obtenidos con la prueba de MN tradicional, demostrando que los núcleos eritrocitarios de tortugas verdes que habitan en sitios con mayor presión antropogénica (Xcalak y Akumal) presentaron una reducción signifcativa del área nuclear y una desviación de la forma elíptica, considerada normal para eritrocitos maduros. A su vez, los índices (medición automatizada) mostraron correlaciones signifcativas con la frecuencia de múltiples anormalidades (medición visual). Los análisis multivariados y modelación permitieron diferenciar a los individuos de Xcalak de los de otros sitios, principalmente debido a la disminución del área nuclear y a la morfología irregular de los núcleos. En contraste, las tortugas de Punta Arenas presentaron núcleos eritrocitarios de mayor tamaño y morfología elíptica. Así mismo, en el modelo no paramétrico de AR y F, los datos de Punta Arenas y Punta Herrero se ajustaron a un modelo elíptico, indicando núcleos morfológicamente normales. En contraste, los núcleos de Akumal y Xcalak mostraron desviaciones del modelo elíptico y se ajustaron a formas hiperbólicas, lo que sugiere que los núcleos de esta zona presentan mayor frecuencia de presencia de núcleos anormales. Este estudio demuestra que los índices morfométricos nucleares obtenidos mediante análisis de imágenes constituyen biomarcadores efcaces y objetivos para la detección temprana de daño genotóxico en tortugas verdes del Caribe mexicano. En particular, la disminución del área nuclear y las desviaciones de la forma elíptica de los núcleos, mostraron una alta sensibilidad para discriminar las poblaciones con mayor daño genotóxico y siendo consistentes con la frecuencia de MN y AN. Por lo tanto, los índices de morfología de la membrana nuclear, así como el modelo entre AR y F se consideran como una herramienta objetiva y efciente para el análisis ecotoxicológico y con alto potencial para su implementación en otras especies con eritrocitos nucleados.; Tourism, urban development, and sargasso beaching caused environmental alterations in the Mexican Caribbean coasts. Little ecotoxicological information exists on the green turtle (Chelonia mydas) population inhabiting this region. Micronucleus (MN) and erythrocytic nuclear abnormalities (ENA) tests are non-destructive DNA damage biomarkers. We aimed to determine local (Punta Arenas, Akumal, Punta Herrero, and Xcalak) and annual (2015–2019) variability in MN/ENA frequency to understand genotoxic damage extent. Almost all the individuals sampled (n = 166) presented DNA damage (98.8%); the lack of correlations between MN/ENA and biological variables confrmed the usefulness of these tests as biomarkers. The southern foraging site had the highest number of MN/ENA; an increase over time was found in the most urbanized and the most protected sites, coinciding with previously reported regional variability of persistent organic compounds, heavy metals, and annual massive infux of sargasso. Considering the sentinel status of green turtles, the advantages of the blood tests, and the continuous accelerated urban development in the Caribbean, long-term monitoring of this species is advised.

Efecto de la gingivitis materna en el establecimiento del microbioma intestinal del neonato

Sat, 31 Jan 2026 00:00:00 GMT

Efecto de la gingivitis materna en el establecimiento del microbioma intestinal del neonato Rocha Viggiano, Ana Karenina Durante el embarazo, las mujeres pasan por una serie de cambios fisiológicos, incluyendo variaciones hormonales importantes. La gingivitis del embarazo es una condición que afecta del 30 hasta el 100% de las mujeres y se ha relacionado con estas modificaciones hormonales, pudiendo tener un rol importante en la colonización del intestino fetal, así como el entrenamiento inmunológico para el recién nacido. Sin embargo, la salud oral no siempre es considerada como rutina en el cuidado prenatal. En este estudio se colectaron muestras de saliva de mujeres embarazadas con (PG) y sin (NPG) gingivitis del embarazo para analizar la microbiota presente por medio de secuenciación 16s. Adicional, se colectaron muestras de meconio de los correspondientes neonatos y también fueron analizados. La microbiota oral de las mujeres embarazadas con y sin gingivitis del embarazo no mostraron diferencias significativas en cuanto a diversidad. Sin embargo, se encontraron diferencias en la composición de la microbiota. Adicional a esto, pareciera que la composición de la microbiota intestinal de los neonatos también tiene diferencias entre los correspondientes a las madres con (PG) y sin (NPG) gingivitis. No obstante, el número de muestras de meconio analizadas no permiten una conclusión definitiva. Es por esto, que se requiere una cohorte mayor y secuenciación de mayor profundidad para demostrar las diferencias en la microbiota oral y explorar la posibilidad de la traslocación bacterial de la encía materna hacia el intestino fetal.; Pregnant women undergo a myriad of physiological changes during this stage, including important hormonal variations. Pregnancy gingivitis is a condition that affects up to 30% to 100% of women, is related to hormonal modifications, and could play an important role in gestational gut colonization and immunological training in the newborn. Nonetheless, oral health is not always considered part of routine prenatal care. In this study, we collected saliva samples of pregnant women with and without pregnancy gingivitis and analyzed the oral microbiota through 16S sequencing. In addition, meconium from the infants of participating women was also analyzed. The oral microbiota of pregnant women with and without pregnancy gingivitis did not show significant diversity differences. However, significant differences in microbiome composition were observed. In addition, it appears that microbiome composition of the offspring of mothers with gingivitis may also differ from that of mothers without gingivitis, although the number of available samples did not allow definite conclusions. As such, a larger cohort and deeper sequencing methods are needed to demonstrate the differences in the oral microbiota of pregnant women with and without gingivitis and to explore the possibility of bacterial translocation from the maternal gingiva to the fetal gut.

Reposicionamiento computacional y evaluación funcional de nuevos inhibidores de la proteína Peptidil arginina deiminasa tipo IV

Mon, 01 Sep 2025 00:00:00 GMT

Reposicionamiento computacional y evaluación funcional de nuevos inhibidores de la proteína Peptidil arginina deiminasa tipo IV Ruiz Hernández, Sofía El descubrimiento de nuevos inhibidores para proteínas específicas es crucial en la investigación farmacológica, especialmente en enfermedades autoinmunes, donde la desregulación de proteínas como la PAD4 (Peptidil Arginina Deiminasa Tipo IV) juega un papel fundamental. PAD4 cataliza la conversión de residuos de arginina en citrulina, una modificación postraduccional que altera la carga y función de las proteínas blanco, como las histonas. Esta modificación promueve la descondensación de la cromatina y la formación de trampas extracelulares de neutrófilos (NETs), un proceso conocido como NETosis, que se ha implicado en la fisiopatología de enfermedades como la artritis reumatoide. Considerando la ausencia de inhibidores clínicamente aprobados para PAD4, se adoptó un enfoque de reposicionamiento de farmacos asistido por computadora, complementado con validación funcional in vitro y ex vivo, con el objetivo de explorar compuestos con potencial terapéutico. En la fase computacional, se aplicó la estrategia acoplamiento molecular (“docking molecular) para predecir la afinidad de unión entre compuestos y su blanco PAD4. Se llevó a cabo un cribado virtual de 16,424 moléculas provenientes de las bases de datos REFRAME y ZINC15, utilizando como receptor la proteína PAD4 en su estructura cristalográfica (PDB ID: 4DKT). El análisis de docking molecular se basó en la afinidad de unión del inhibidor TDFA (–5.8 kcal/mol), y se seleccionaron aquellos compuestos que presentaron valores de afinidad iguales o superiores. A partir del análisis estructural, de afinidad de unión y disponibilidad comercial, se seleccionaron tres compuestos para su validación experimental: ácido fólico, amodiaquina y piroxamida. A nivel molecular, estos compuestos mostraron interacciones favorables con residuos catalíticos clave (D350, H471, D473 y C645), y su estabilidad estructural fue confirmada mediante simulaciones de dinámica molecular de 100 ns. Dichas simulaciones evidenciaron perfiles estables en términos de RMSD (desviación cuadrática media) y RMSF (fluctuación cuadrática media), así como una alta frecuencia de formación de puentes de hidrógeno en el caso del ácido fólico. Como primer paso, se evaluó la viabilidad celular en células mononucleares y polimorfonucleares humanas mediante tinción con ioduro de propidio, con el fin de descartar efectos citotóxicos inducidos por los compuestos. Los resultados mostraron que ninguno de los fármacos afectó la viabilidad de los neutrófilos durante los primeros 135 minutos, mientras que la amodiaquina mostró toxicidad en células mononucleares únicamente a concentraciones elevadas (≥50 μM), efecto también observado con BB-Clamidina. Estos datos permitieron establecer un rango seguro de concentraciones para ser utilizado en los ensayos de actividad enzimática de PAD4 y en el modelo ex vivo de NETosis, con el objetivo de evaluar los efectos específicos de los compuestos evitando interferencias por toxicidad celular. En los ensayos funcionales in vitro, amodiaquina (1 nM) y piroxamida (0.1 μM) inhibieron la actividad enzimática de PAD4 de forma más eficiente que el inhibidor de referencia BBCl- amidina (8.8 μM), con reducciones del 14.3 % y 12.7 %, respectivamente. El ácido fólico mostró un efecto inhibitorio moderado (9.2 %), aunque también superior al compuesto control (7.5 %). En el modelo ex vivo de NETosis inducida con A23187, los tres compuestos alteraron la morfología nuclear de los neutrófilos y redujeron la descondensación de cromatina. La amodiaquina, en particular, disminuyó significativamente el área y el perímetro nuclear, un efecto comparable al observado con BBCla. Por su parte, el ácido fólico y la piroxamida también mostraron interferencia en el proceso de NETosis, aunque en menor grado. En conjunto, este estudio demuestra que la integración de herramientas computacionales con ensayos biológicos funcionales permite identificar nuevos inhibidores de PAD4 con potencial aplicación terapéutica. Los resultados posicionan a la amodiaquina, el ácido fólico y la piroxamida como candidatos prometedores para modular procesos inflamatorios mediados por citrulinación y NETosis. No obstante, se requieren estudios adicionales, como curvas dosis-respuesta, evaluaciones preclínicas y análisis de seguridad a largo plazo, para avanzar hacia su posible uso clínico; Peptidylargininedeiminase4(PAD4) is aproteinthatcatalyzesbothnormal andabnormalcitrullinationof interacting proteinpartners,affecting genmodiaquine,folicacid,andpyroxamideasstablePAD4 binders. In vitro inhibitionassaysrevealedthatamodiaquine(5.0 !M to1.0nM)andpyroxamide(0.1 !M) were morepotentinhibitorsthanthereferencePAD4inhibitorBBCla(8.8 !M),whilefolicacidshowedanon- significant trendtowardinhibition. Cytotoxicityassaysconfirmedthatall compoundswerenon-toxicatthe tested concentrations,exceptforamodiaquineat50 !M. NETosisassaysdemonstratedthatthethreeselected compoundsalteredchromatindecondensationandcellularmorphologysimilarlytoBBCla,althoughnot uniformlyacrossallcells.Overall,amodiaquine,folic acid, andpyroxamidewereidentifiedasPAD4inhibitors throughcombinedvirtualandexperimentalapproaches,supportingtheirpotentialastherapeuticcandidatesfor PAD4-relateddiseasesandwarrantingfurtherinvestigation.